Naast voordelen kleven er natuurlijk ook bepaalde nadelen aan online boekhouden. De volgende punten zijn redenen waarom je je boekhouding misschien beter niet online zou kunnen doen.
Allereerst het punt van terugkerende kosten. Bij een boekhoudpakket wat je lokaal op je PC installeert betaal je meestal maar één keer. Bij de meeste online boekhoudsoftware zit je vaak vast aan maandelijkse of jaarlijkse terugkerende kosten.
Daarna vereist online boekhouden, jawel, een werkende internetverbinding. Mocht het internet er bij je uit liggen, dan heb je dus geen toegang tot je boekhouding.
Laatste nadeel bij online boekhoudsoftware is dat je moet vertrouwen dat de leverancier goed omgaat met beveiliging en backups. Als je je boekhouding lokaal draait heb je dit zelf in de hand; hoewel hier natuurlijk ook gevaren schuilen.